\ 2 assegni di ricerca post dottorale per attività di ricerca nell’ambito della piattaforma di genomica ed epigenomica – Facility di calcolo scientifico ORFEO. Bando A1/2020

2 assegni di ricerca post dottorale per attività di ricerca nell’ambito della piattaforma di genomica ed epigenomica – Facility di calcolo scientifico ORFEO. Bando A1/2020

Scadenza: 28/08/2020 Ore: 23:59

Riferimento Bando: A1/2020

Allegati

Graduatoria di merito

 

AVVISO DI SELEZIONE PUBBLICA, PER TITOLI E COLLOQUIO, PER IL CONFERIMENTO DI N. 2 ASSEGNI DI RICERCA POST DOTTORALE, AI SENSI DELL’ART. 22 DELLA LEGGE 30 DICEMBRE 2010, N. 240, PER LO SVOLGIMENTO DI ATTIVITÀ DI RICERCA NELL’AMBITO DELLA PIATTAFORMA DI GENOMICA ED EPIGENOMICA – FACILITY DI CALCOLO SCIENTIFICO ORFEO. BANDO A1/2020

Gli assegnisti, sotto la supervisione del responsabile scientifico della ricerca, saranno impegnati sia nella progettazione e nello sviluppo di sistemi e servizi innovativi per la fruizione e gestione delle risorse computazionali e di storage fornite dal sistema ORFEO che nella messa a punto di servizi avanzati di analisi dei dati prodotti da analisi genomiche ed epigenetiche.

Tra le specifiche attività nell’ambito delle macro-azioni sopra descritte, rientrano i seguenti temi di ricerca:

  • individuazione di nuovi approcci ed algoritmi di Deep Learning (DL), dalla potenzialità di applicazione tecnologica e sperimentazione su dati di Genomica e di Epigenomica;
  • implementazione ottimizzata di algoritmi sulle piattaforme HPC disponibili e sperimentazione su dataset reali;
  • tuning e ottimizzazione delle performances degli algoritmi;
  • design e testing delle pipelines di analisi dei dati;
  • benchmarking di infrastrutture SW e HW per il trasferimento dati, addestramento reti,inferenza etc.
  • sperimentazione e messa a punto di strumenti avanzati per il controllo dei carichi di lavoro e ottimizzazione dal punto di vista energetico;
  • sperimentazione di strumenti di “scaling” di soluzioni software basate su container per l’esecuzione sicura ed isolata di applicazioni di calcolo parallelo;
  • sviluppo e sperimentazione di piattaforme di gestione del dato scientifico prodotto che permettano la condivisione in modalità FAIR dello stesso, con particolare attenzione sui protocolli e metodologie di interoperabilità del dato.

In particolare ai candidati è richiesta conoscenza ed esperienza in almeno 2 delle seguenti aree tecnico scientifiche che saranno oggetto del colloquio:

  1. conoscenza sistemistica e di programmazione in ambito HPC
    1. buona conoscenza di O.S. Linux e scripting shell (bash)
    2. buona conoscenza di linguaggio python e di almeno un linguaggio tra c/c++ e fortranper la programmazione parallela
    3. competenza ed esperienza nell’installazione di software scientifico in sistemi HPC inparticolare per la Genomica
    4. buona conoscenza di file system paralleli (ceph/lustre/beegfs)
    5. conoscenza nell’utilizzo di sistemi cloud in particolare OpenStack per HPC
    6. conoscenza delle tecnologie di containerizzazione (Docker/Singulary/ kubernetes)
  2. conoscenza ed esperienze in Machine Learning/Artificial Intelligence
    1. buona conoscenza di algoritmi di Machine Learning/Deep Learning
    2. buona conoscenza di framework per il Machine Learning (PyTorch,Tensorflow/ Caffe/Theano etc..)
    3. conoscenza di algoritmi ML/DL per il trattamento di immagini
    4. conoscenza di algoritmi di ML/DL in ambito di genomica
  3. conoscenza ed esperienza nella gestione del dato scientifico
    1. conoscenza ed esperienza nella messa a punto di dataset in modalità FAIR
    2. conoscenza ed esperienza di librerie scientifiche per il trattamento del dato (HDF5/netcdf)
    3. conoscenza ed esperienze di formati specifici per la genomica ed epigenomica
    4. conoscenza ed esperienza nella gestione della data-provenance
    5. conoscenza ed esperienza nell’uso e nella gestione di data-repository.

Nello spirito di un sistema concentrato e integrato di centri scientifici, per lo svolgimento delle attività si prevedono collaborazioni con le eccellenze del sistema della ricerca rilevanti per prossimità territoriale e per inerenza tematica quali a titolo di esempio non esaustivo l’Istituto Officina dei Materiali del CNR, la Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati-SISSA, l’Università degli Studi di Trieste, l’Istituto di Genomica Applicata, International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology-ICGEB, il Consorzio per il Centro di Biomedicina Molecolare-CBM, il Centro di Riferimento Oncologico di Aviano – Pordenone, l’IRCCS Burlo Garofolo di Trieste, il Polo Cardiologico di Cattinara-Trieste.

Il Responsabile del procedimento amministrativo di cui al presente bando è Fides Croppo – Responsabile dell’Ufficio Risorse Umane.
Informazioni possono richiedersi al tel. 040/3755219.